进化树的构建方法

进化树的构建方法

系统进化树又称为演化树，是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树.在树中每个节点代表其各个分支的最近共同祖先，而节点的线段长度对应了其演化的距离。

在NCBI上搜索所需的目的序列，以Metallothionein（MT）为例。

将所需目的序列复制到Word上，形成如图格式。

下一步用MEGA7构建进化树。首先打开MEGA，然后点击Align,点击Edit/Build Alignment,然后在弹出的小框中选择Create a new alignment,点击OK，根据你的需求选择Protein或DNA，如果比对的是核酸则点击DNA，若是蛋白质则点Protein.在此以Protein为例。

点击Protein,出现如下第一张图所示，然后将目的序列粘贴，变成第二张图所示。

点击Date菜单中的Phylogentic Analysis点击Yes，然后在主菜单中点击Analysis,点击Phylogeny并选择第二个。点击YES，然后在弹出的框中点击compute

下图即为所构建的进化树。